Ape Escape 2 nos pone en la piel de un cazador de monos. Pero no de cualquier tipo de monos, sino de unos que han venido del espacio exterior con unas más que dudosas intenciones. Así que antes que hacer frente a un ataque colectivo de todos los colegas de King-Kong, el gobierno de la Tierra, con la diplomacia que le caracteriza, ha decidido capturarlos a todos para que los simios no puedan causar ningún destrozo. Y ahí es donde entráis vosotros.
Controlando a Hikaru, el pobre diablo al que le han encasquetado el muerto de acabar con la amenaza de los primates, contará por toda arma con una super red con la que poder atrapar y teletransportar inmediatamente a los monos de marras. Pero gracias a los adelantos de la tecnología podremos hacer uso de un montón de gadgets con los que nuestro héroe podrá perseguir en igualdad de condiciones (o casi) a los nuevos enemigos de la Tierra.